1. Pemakaman Kertas
Ini adalah tempat dimana jasad nagato dan yahiko di kuburkan, dan di buat sendiri oleh konan yang tempatnya sangat rahasia. Namun tobi yang ingin mengambil mata rineggannya yang di titipkan pda nagato, akirnya menggenjutsu konan untuk membaca pikirnya dan mncari tahu dimana nagato di makamkan. Setelah konan berhasil di kalahkan tobi dengan mnggunakan izanagi.
Setelah tobi mengetahui pemakaman kertas itu, tobi mengambil mata rineggan nya, dan mentranplasikan ke matanya sendri, sebagai ganti mata kirinya yang meredup akibat menggunakan izanagi, dan pada waktu itu juga kalau nagato dari klan uzamaki terungkap. Akibat berlebihan dalam pemakaian rineggan rambut uzumaki yang merah sampai berubah menjadi putih, ucap tobi sebelum pergi.
2. Jikukan ( Dimensi lain )
Adalah sebuah ruang alternatif yang terkait dengan Mata Sharingan Obito Uchiha dan Kamui milik Kakashi Hatake berada dalam dimensi yang sama ketika teleporting benda, karena fakta bahwa masing-masing memiliki salah satu dari mata Obito. Hal ini lebih dibuktikan oleh fakta bahwa obyek menyesatkan oleh kemampuan mata mereka masih dapat berinteraksi dengan Obito meskipun secara komprehensif "intangibility" nya. Sebelum mempelajari alasan hubungan ini, Kakashi dimanfaatkan untuk melukai Tobi sehingga membongkar Identitas Tobi yang
sebenarnya adalah Obito Uchiha, rencana ini masih di bawah kedok Obito, selama Perang Dunia Shinobi Keempat.
Lokasi pertama kali yang diamati Obito, sebagai Tobi, baik Uchiha Sasuke dan Karin di bawa ke dalam Dimensi itu setelah pertempuran mereka melawan Para Kage dimana ia terbukti berada di tempat yang terdiri dari jumlah yang tak terhitung dari prisma persegi panjang dan diatur secara acak dan ukuran yang berbeda serta sedikit terdapat cahaya.
3. Ryuuchidou
Gua Ryūchi merupakan tempat legendaris yang sama tenar dengan Gunung Myōboku dan Hutan Shikkotsu. Ini adalah tempat suci dimana tinggal Sage (pertapa) Ular Putih dan di mana Orochimaru menemukan sumber kemampuan klan Jugo. Tempat ini merupakan gua yang digunakan Kabuto Yakushi untuk berlatih demi mencapai Sennin Mondo "sage Mode".
4. Myobokuzan
Gunung Myōboku juga dikenal sebagai "Gunung Kebingungan" , adalah tempat suci para kodok, tempat di mana semua kodok Kuchiyose Naruto, Minato dan Jiraiya berasal. Tempat ini adalah rumah untuk kodok besar dan juga kodok kecil. Gunung Myōboku adalah tanah yang kaya dan indah, dan otoritas tertinggi tampaknya adalah milik Tetua Katak, Katak Sennin Raksasa. Shima dan Fukasaku-sama, tetua katak yang bijak, mereka tampaknya memiliki otoritas yang lebih tinggi dari Gamabunta.
5. Kuil Naka
Adalah sebuah kuil di Konoha. Di ruang utama, di bawah tikar tatami ketujuh dari paling kanan, adalah tempat pertemuan rahasia klan Uchiha. Di sana adalah tablet yang berisi rahasia klan. Tablet ini hanya dapat dibaca dengan dōjutsu khusus: Sharingan dasar mampu menguraikan jumlah minimal informasi, bahkan lebih dari itu jika orang memiliki Mangekyo Sharingan, dan rinnegan bisa membaca lebih dari yang lain. Berikut rahasia
Mangekyo Sharingan ditulis, seperti kisah Rikuudou Sennin dan Siluman-Ekor Sepuluh.
6. Unraikyou
Terletak di suatu tempat di desa Kumogakure. Tempat ini adalah sebuah lembah yang disebut Lembah Awan - Petir, dan dikelilingi oleh banyak gunung yang curam. Tempat ini adalah sebuah lembah yang berisi air yang tertutup awan atau kabut. Dalam lembah ini ada sebuah gua gelap dimana Killer Bee yang adalah seorang jinchūriki dari Hachibi untuk berlatih
7. Hutan Klan Nara
Hutan ini merupakan hamparan tanah yang luas yang dimiliki oleh Klan Nara dari Konohagakure. Terletak di pinggiran Konoha, itu adalah hutan yang unik dalam Negara Api. Banyak rusa yang berada di Hutan sebagai lambang klan dari Hutan itu dan sering kali tanduk mereka dijadikan salah satu obat-obatan seperti menjadi obat untuk klan Akimichi dan 3 Pil berwarna. Menurut Shikamaru Nara, tidak ada seorang pun kecuali anggota klan Nara yang diperbolehkan untuk melangkahkan kaki ke dalam hutan Klan Nara ini tanpa izin. Dan siapapun yang sudah masuk ke dalam Hutan ini, takkan bisa keluar.
8. Pulau Kura Kura
Pulau ini adalah pulau kura-kura raksasa yang berfungsi sebagai tempat pelatihan bagi Ninja Kumogakure .dalam pulau ini terdapat binatang-binatang buas yang menghuni pulau ini. di sini juga tempat A dan B berlatih di waktu kecil, begitu juga naruto berlatih di tempat ini untuk menguasai bijunya di karenakan pada awalnya para kage berniat menyembunyikan Naruto dan bee di tempat ini.
9. Kuil Clan Uzumaki
Kuil ini adalah kuil dari clan uzumaki tepatnya ada di pinggiran desa Konohagakure, dalam kuil ini terdapat banyak topeng Shinigami dan salah satu topengya tersebut mempunyai ke istimewaan yaitu dapat memanggil Shinigami seperti halnya saat menggunakan Teknik "Shiki Fuujin", dalam hal ini orochimaru mengambil salah satu topeng tersebut untuk menggunakan teknik shiki fuujin dan meng edo tensei para kage yang sudah tersegel sebelumnya.
10. Menara Pain
Menara Pain ini adalah menara tertinggi di Amegakure dan juga basis dari operasi pergerakan Pain di mana Nagato mengendalikan para 6 pain.Tingginya Menara ini memungkinkan Nagato untuk mengirimkan sinyal chakra ke tubuh Pain dibawah kendalinya. Menara ini memiliki empat wajah humanoid di setiap sisi dan terhubung ke dua menara yang lebih kecil. Lidah yang menjulur dengan wajah yang duduk menghadap ke kota Amegakure,
11. Shikkotsurin
Adalah tempat yang terletak di wilayah sebagian besar tanah utara antara Takigakure dan Otogakure. Memiliki Hutan yang lebat, dan tulang makhluk raksasa. Ini adalah tempat persembunyian rahasia Zetzu, Madara Uchiha, dan Tobi/Obito. pada perang shinobi ke 4 Kabuto berhasil menemukan tempat ini dan bertemu dengan obito untuk menyepakati sebuah kesepakatan. pada akhirnya anko dan yamato di sekap di tempat ini.